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高空跳伞Niobe

在飞机上的Niobe干掉特警，救下奄奄一息的Axel。但飞机上还有入侵飞行员的特工Johnson，经过一番战斗，Niobe把他踢下了飞机，并从即将坠毁的飞机上跳伞。早先一步从飞机上跳伞的Axel虽然被特工截获，但Axel在和特工的打斗中制造了车祸，使得Ghost顺利救出了他。而从飞机上跳伞的Niobe也联系到Ghost来定位她的位置进行救援。

逃脱出来的Niobe、Axel和Ghost驾车离开了机场，并在地铁站进行了矩阵脱出。Niobe在脱离矩阵前，遇到了一个蓬头垢面的人，嘴里还念叨着“Zion只能坚持72小时”的话语。

火车人Trainman

Zion的一众飞船舰长和大副开始按照约定时间碰面，注意守门的这两个兄弟，Corrupt和Wurm，他们都是the Gnosis号的船员。Niobe到达会场后，the Vigilant号的Soren舰长首先对Niobe和Ghost的救援行动表示感谢。随后尽管Morpheus的“尼布甲尼撒号”迟到了一会儿，但还是带Neo参加了会议。

众人一起商讨乌贼进攻的消息真假和应对策略，而除了Morpheus之外，其他舰长都表示遵从Jason Lock指挥官的命令先返回Zion。Morpheus则提出要留下一艘飞船来等待先知的指示，Morpheus本想自己留下的，但“尼布甲尼撒号”需要先回Zion补给能源。The Caduceus号的船员Malachi和Bane自告奋勇留下。注意这个Bane，后面的戏分很关键。

Bane

而在一旁预感到有什么事情发生的Neo离开会场，来到楼上进行侦查，得知有人留了一个耳机监听器给他。看到Smith留下的监听器，Neo立马意识到特工已经来了，并让同伴赶快通知大家撤离。

玩家可以操控Neo使出很多酷炫的格斗技击败率先破门而入的三名特工。影片中Neo击败三名特工后一飞冲天直接来到先知家显得太过突兀，对吧。其实中间还有一段剧情。

Neo化身超人其实是去救援遭遇特工和警察追捕的Morpheus和Trinity，还有the Caduceus号的舰长Ballard，the Hammer号的舰长Roland，the Logos号的舰长Niobe，以及the Gnosis号的舰长Ice。

蓄势待发的Neo

在游戏中，玩家可以操控Neo从天而降，救援被武装直升机和特警围困的Morpheus和Trinity。

Morpheus脱困后，需要先回到飞船进行起航准备。而Neo则再去救援Ballard舰长。Neo和Ballard在餐厅击败一众警察和三名特工后，Ballard先行脱出矩阵，并告诉Neo，自己的船员Bane和Malachi会留下等待先知的消息。

Ballard舰长

Neo从井口帅气地降落，溅起水花无数。来到下水道的Neo帮助Niobe击退了追捕的特工后，再去工厂货仓救援Roland，帮助Roland打开货仓控制室成功脱离矩阵后，Neo的救援行动就告一段落了。

Roland舰长

回到Zion前，Neo想要找先知解答疑惑，他像超人一般翱翔天际，很快来到先知家中，但先知的房间空无一人。Neo只好作罢，跟随Morpheus和Trinity回到了地下都市——Zion。特工Smith随后到达现场，可以看到出现了两个Smith。其实第一部结尾Neo的身体穿过Smith后，Smith不仅没有消亡，还从Neo身上获得了自我复制的能力，此外还能够不受矩阵母体的限制，拥有了更高的权限。

两个Smith

回到Zion的Morpheus立马就被Lock指挥官请到了办公室，并展开了争论。Lock是Niobe的现男友，除了私事之外，Lock并不相信先知、救世主那一套，他关注的是军队纪律以及更为现实的问题。Lock也打算向议会提议罢免私自行动的Morpheus，好在Haman议员及时赶到，没有让两人的冲突升级。