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落败的人类，绝大部分都变成了机器人的战利品，他们被放置于培养皿中，思维也被接入一个神经交互模拟系统。机器人构造虚拟的人类社会让这些人类能够持续、稳定地为Zero-One提供能源。而这个规模庞大、组织严密且不断发展的网络系统，就是矩阵（the Matrix）。

还有一小部分的人类得以幸存下来，他们聚集到地下，依靠地心热能，建造了人类幸存都市Zion锡安。人类在这里过着原始的穴居生活，既不见天日，还要躲避机器人的追杀。

Zion

幸存下来的人类也希望解救身在矩阵中的同胞。当身在矩阵中的人类怀疑自己所在世界的真实性，想要寻求真相时，这个信号就会被Zion的幸存者获取。Zion在经过评估、筛选合适的年龄对象后，就会进入矩阵进行营救。这些被解救的人以Morpheus为代表，他在矩阵遇到了有预知未来能力的先知（Oracle），先知告诉他想要拯救人类，战胜机器，必须找到一个人the One，他将会是救世主。

the One救世主

而这个被认为是救世主的人，就是黑客帝国1的主角——Thomas Anderson托马斯·安德森。看似一个普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在Meta-Cortex软件公司里做程序员，和大多数普通人一样过着平淡无奇的生活，为生计忙碌着；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是Neo。Neo一直在网络世界追寻传奇黑客Morpheus的踪迹，试图找到他。

Morpheus

这种强烈的意愿与追求真实的信号被Morpheus获悉了，于是Morpheus派遣Trinity去寻找Neo，但Neo的踪迹早就被矩阵特工Smith发现了，他们来到Neo的公司抓捕他。尽管Morpheus电话指挥Neo逃跑，但当Neo看到脚下的深渊时，又开始怀疑Morpheus话语的真实性。软弱的他被Smith抓获。

但如果玩家在2005年发售的PS2游戏Path of Neo中操控Neo的话，可以体验到不一样的剧情。Neo听从Morpheus的指示，逃到了公司的外面，并借助刷窗工人的升降梯来到了大楼顶部。随后Neo从消防楼梯开始逃离，一路潜行，到达1楼，发现Trinity正骑着摩托等待着他。之后游戏剧情就会直接跳跃到，Trinity带Neo见Morpheus的场景。

Trinity

但电影的情节是Neo被特工抓获。在审讯室里，Smith想通过销毁Neo的网络犯罪证据让他投诚，供出Morpheus的下落。但Neo闭口不言，没有服从的Neo被Smith植入了一个机械侦测虫，想要以此作为诱饵。好在Trinity及时找到了他，并将机械虫抓了出来。Neo终于见到了Morpheus，Morpheus向Neo述说了一些富有哲理的话，并拿出了红色药丸和蓝色药丸给Neo作选择。若是红色药丸，就可以继续追寻真相，寻找Neo想知道的答案，蓝色药丸可以让Neo重新回到原本的生活，忘记一切。

Red pill&Blue pill

Neo当然选择了红色药丸，随后Neo开始产生幻觉，镜子破镜重圆。在真实世界Neo的身体也开始苏醒，醒来的Neo发现自己身处在一个器皿中，周遭都是人类储藏罐，并且散发着高能的电压。发现Neo苏醒过来的机械虫，决定作废弃处理，将Neo身上的各种神经管道拔出，并排放到下水道。熟悉捞人套路的Morpheus早已等待多时，将Neo打捞上来，并进行紧急治疗。Neo终于来到了真实世界。

“尼布甲尼撒号”飞船

Morpheus带着身体恢复的Neo，参观了“尼布甲尼撒号”飞船，并介绍了船上的一众成员，Trinity，Cypher，Apoc，Switch，Tank，Dozer和Mouse。更重要的是，Morpheus让Neo见识到了模拟的矩阵母体Matrix。在模拟程序中，Morpheus给Neo展示了虚拟的网络世界和真实世界的情况，解释了What is the Matrix，什么是矩阵。但Neo起初很难接受这种真相，不相信这是一切是真的。Morpheus随后给Neo讲述了先知的预言以及救世主的信息，尽管Neo还很疑惑，但Morpheus坚信自己已经找到了救世主，他就是Neo。