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回到Zion的Trinity、Neo和接线员Link受到一个热情小伙的迎接，Kid，他的真名是Michael Karl Popper。这个小伙其实是《黑客帝国》动画版Kid’s Story短片的主角。

Kid总会从噩梦中惊醒，在梦境中，他看见黑色的鸟儿飞起，自己从高楼上坠下。其实Kid已经对自己身处的世界有了怀疑，想要追求真实。

寻求真实的Kid

获取这一信号的Neo指引Kid进行逃离。在学校，Kid用他最擅长的滑板一路摆脱黑衣特工的追捕。可惜的是，尽管Kid已经逃到高楼，还是被特工包围。

Kid相信Neo，从高楼一跃而下，如同他所熟悉的梦境一样。但这次结果是，人们在墓园给Kid举办葬礼，并对他的遭遇表示惋惜。

但在真实世界，Kid凭借他的强大意志苏醒了过来，看到了Neo，这让Kid坚信是Neo救了自己。

所以当Neo回到Zion时，Kid非常热情地前来迎接，并表示希望之后能加入“尼布甲尼撒号”，与Neo并肩作战。

随后Neo和Trinity来到Zion的平民区，人们带着礼物与期待，希望救世主Neo能够拯救他们的亲人、朋友。

等待Neo的民众

此时注意这位母亲说的话，他的儿子Jacob在the Gnosis号上服役，后来Bane Smith发射EMP摧毁的五艘战舰，the Gnosis就是其中之一。

Trinity看到大家对Neo的热情与期望，先行离开，她的去处我们先按下不表。

而接线员Link则是回来看第一部阵亡的Dozer和Tank的妹妹Zee，据说是饰演Tank的演员档期以及片酬原因，没有继续参演，所以第二部电影的设定是Tank因伤重不治死亡了。

Zee很担心Link也会像自己的两个哥哥一样，在“尼布甲尼撒号”遭遇不幸，但Link相信Morpheus和Neo，战争很快就会结束，和平终将到来。

Link&Zee

另一方面，在会场得知特警突袭的Niobe、Ghost和一众舰长迅速应对和撤离。但Enter the Matrix游戏的主角是Niobe和Ghost，所以情节上有一些小小的出入。Niobe和Ghost会在下水道协助逃离的the Caduceus号的Ballard舰长、the Gnosis号的Ice舰长和船员Corrupt以及失去联系的Jacob。与特警进行一番恶战后，陷入绝境的Niobe和Ghost在the Key Maker开锁匠的帮助下终于逃离下水道，来到了矩阵的维修通道。

开锁匠向两人解释说，矩阵的结构像一座建筑物，它是建立在一个个子结构的基础之上。而自己曾被一个名叫Merovingian的流亡者囚禁在山上的一座城堡里，最近开锁匠借助矩阵的维修通道逃离了出来。

the Key Maker开锁匠

正当开锁匠打算将一把要交给the One救世主的钥匙交给Niobe和Ghost时，矩阵维修通道冲出了两个持枪的Merovingian手下，Cain和Abel。原来是Merovingian的两个手下为了得到开锁匠的钥匙，而故意打开了矩阵维修通道。得到钥匙的手下迅速离开，回去向Merovingian复命。开锁匠只得拜托Niobe和Ghost前去夺回钥匙，因为“The key is integral of the path of the One,钥匙是救世主之路不可或缺的一部分。”

意识到事态严重的Niobe和Ghost立刻前往Merovingian的城堡。为了尽快夺回钥匙，Ghost和Niobe兵分两路。

Cain和Abel

如果玩家选择Niobe探索城堡的话，会在刚搜寻不久，就遭到潜伏在城堡、酷似吸血鬼的长发男Vlad袭击，长发男将Niobe带到了充满诡异仪式感的地方，但并没有将她直接交给Merovingian,这也就给了Niobe生存的机会。