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Zion议会

Zion基地的所有人都在为战争做着准备，Tank的妹妹Zee在制造弹药，崇拜Neo的Kid也谎报年龄加入了志愿军。

结束搜救工作的the Hammer号，Roland舰长与众人商讨回防Zion的计划时，一直闭门思考的Neo终于走了出来。他提出想要一艘飞船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有人都觉得这个主意就是在自杀，因为从来没有人能够到达机器之城。但Niobe相信Neo，表示愿意将the Logos号交给Neo去完成这个不可能的壮举。

看到如此深明大义、冷静机智的Niobe，Morpheus也深感触动。The Hammer号采用Niobe的兵行险招利用维修管道回防Zion，the Logos号则前往机器之城，兵分两路。

挟持Trinity的Bane

但就在Neo和Trinity准备出发时，Bane Smith杀害了一直救治和照顾自己的医师Maggie，随后还摸进the Logos号挟持了Trinity。在Neo与Bane的打斗中，Neo的双眼也被弄瞎了。但这时Neo感觉自己不用眼睛也能够看见Bane，发现了他被Smith附体的真相，最后终于用一记漂亮的本垒打干掉了Bane。

此时机器乌贼也已经攻到了Zion，机器钻头突破了Zion的防御外墙，严阵以待的APU部队在Captain Mifune振奋人心的鼓舞下，与机器乌贼在空港展开了残酷的殊死搏斗。Threezero之前在2015年2月16日推出过一款1:12的APU玩具，喜欢黑客帝国和机甲的朋友可以去收藏一下。

APU机甲战士

人类依靠巨大的APU机甲战士和机器乌贼进行着你死我活的战斗，蜂拥而至的机器乌贼化身巨龙侵蚀着为数不多的APU机甲；Charra和Zee也用双弹火箭筒在一旁进行辅助，破坏了一个机器钻头，不过被发现行踪的Charra还是牺牲了。

所有人类都在为自身的生存而战斗着。但机器大军依旧不停歇、无差别地进行攻击。一直在维修通道航行的the Hammer号，在Niobe和Morpheus的驾驶与全体船员的分工合作下在朝空港3号口进发。为了守住3号门，Captain Mifune以一己之力抵挡成千上万的机器乌贼，但不幸牺牲了。这一幕堪称黑客帝国最为悲壮的一幕，没有之一。

机器侵袭

继承了Captain Mifune遗志的Neo小迷弟Kid，驾驶APU在门口继续坚守着，尝试击碎平衡锤。Kid在Zee电磁枪的协助下，终于打开了大门。随后The Hammer号用EMP挽救了即将失败的战局。

但还没有给幸存者太多喘息的时间，更多的机器乌贼已经杀到。指挥官Lock只好下令放弃空港，全体撤退。

炸掉空港

Morpheus、Niobe和Roland三位舰长给议会众议员解释情况，但面对不断袭来的机器大军，大家现在只能将唯一的希望寄托在the Logos号和Neo身上。

与此同时，Neo和Trinity也在向着机器之城进发。Neo利用自己的超能力杀出一条血路，但在不断袭来的机器乌贼猛烈攻势下，the Logos号飞船只能向天空进发。The Logos号穿越遮蔽了天空的黑暗云层，Neo和Trinity第一次见到了光明温暖的太阳。随后失去能源以及破损严重的the Logos号，以Trinity被机器爪贯穿，付出生命的代价，终于到达了机器之城。

久违天日

Neo无法拯救心爱的人，但他还要拯救世界。

Neo和机器之城的机器之主开始谈判，Neo向机器之主讲述了Smith的可怕之处，若是不阻止Smith，不管是人类，还是机器世界都会遭到灭顶之灾。最后机器之主与Neo达成协议，以消灭Smith为条件换取Zion的和平。