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当先知走后，Smith在群鸦中现身了。但Neo并不害怕和吃惊。现在的Smith与Neo已经产生了连接，Smith也获取了Neo的一部分代码，不过此时的Neo能力比以前更加强大，就算复制了附近行人和特工的Smith加在一起，也无法击败Neo，还让Neo展现了一下精彩的飞天棍法。复制的Smith越来越多，乌压压的一片又一片，最后Neo用了一招“力拔山兮气盖世”，一飞冲天脱离了混战。只留下一脸蒙圈的Smith。游戏中则是Neo在清场之后，以“完美收工”的姿势飞走了。

Neo

而在Zion基地，指挥官Lock为了让Niobe留在总部，以the Logos号飞船电磁脉冲波EMP功率不够，人数太少的理由，向议会报告了将除Logos号飞船以外的飞船部署在Zion防线的应对策略。虽然Lock很自私，但也能够理解他的这种做法。

隔天，议会召开了应对机器大军的布防大会。议会将Zion的防御部署全权委托给Jason Lock，但有一个要求，需要派遣两艘舰艇前往矩阵寻找Morpheus和Neo。当然这个行动是自愿参与的。

率先请愿的是先前被Niobe、Ghost救援过的Vigilant号的Soren舰长。已经被Smith同化的Bane Smith此时也乘机向 the Caduceus号舰长Ballard提议一起去，但马上被骂回。

一阵短暂的沉寂后，Niobe站起来表示愿意一同前往去协助“尼布甲尼撒号”。尽管Jason很不情愿，但也只能接受这个事实。

Soren舰长

而为了找到关键人物开锁匠，Neo一行人根据先知的指示，来到了 Merovingian的地盘。Neo察觉到这里的编码和以往不同，可能是被改写了。而且每层楼似乎都安装了炸药。他们来到101层，在餐厅见到了正在用餐的Merovingian、Persephone和the Evil Virus。

Morpheus要求Merovingian交出开锁匠，但显然Merovingian并不愿意将开锁匠拱手送出。从Merovingian与Neo等人的对话，也可以看出，他其实是先知的对立面。如果说先知是引导人类走向未来，那么Merovingian则是倾向守旧和维持现状。

无法继续谈判的Morpheus一行人只好先行离开，但同时也感到困惑，为何事情与先知所讲的不同。好在Persephone表示愿意帮助Morpheus。

101层

如同帮助Niobe和Ghost一样，想要获得Persephone的帮助，就要Neo给她一个充满爱意的吻。为了知道开锁匠的下落。尽管一旁的Trinity醋意十足，隔着屏幕都能感觉到她的杀气，但Neo还是摘下墨镜，给了Persephone一个深情的吻。

Persephone与Neo

随后Persephone将看守Library的一个手下干掉，却让另一个手下给Merovingian报信。此处Persephone让手下通风报信应该是想要报复Merovingian，因为她让手下去报信的地方是女厕。从另一个角度看，Persephone应该也是古老的程序之一，负责指引救世主找到开锁匠。

随后Morpheus一行人来到了囚禁开锁匠的监牢，救出了开锁匠。

Merovingian

正要离开时，Merovingian也带人赶到，一场恶斗一触即发。Neo为了掩护其他人，留下和Merovingian的手下展开了一场恶斗，刀枪剑戟，斧钺钩叉，耍的有模有样。但敌人的十八般武艺一起上阵也打不过Neo。Merovingian只好先行开溜。追击Merovingian的Neo开始搜寻城堡，回到了地下监牢，还救出了一个杀马特风格的女人。 这个女人有点像之前《The Key》中的女孩子。来到监牢的最底层，Merovingian为Neo准备了三道门，每一道后面都有不同的考验，颠倒世界、蚂蚁人、保镖、杀手，电网；最后一个考验是让Neo谨慎选择之前救出的杀马特女郎，玩家在这一部分也掌握了类似“佩恩”的引力技能，“万象天引”。击败女巫后，Neo也完成了Merovingian设置的考验。