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而准时进入矩阵维修通道的Neo、Morpheus和开锁匠却遭到了等候多时的Smith的埋伏。玩家可以操控Neo在Morpheus的协助下，在矩阵维修通道击败不断复制的Smith。游戏将这段打斗戏分添加了许多枝节，让玩家能够感受到时间的紧迫感，与完成任务的急切感。

Trinity的飞天摩托

好在最后一刻电力系统终于被切断，但开门的开锁匠命中注定地牺牲了。这一刻不知猛男Morpheus有没有落泪，但是我落泪了。

遇难的开锁匠

Neo拿着开锁匠的钥匙，打开了那扇光之门。在满墙电视都播放着Neo的房间，Neo见到了架构师the Architect。架构师也是一个程序，但他创造了这个矩阵母体。

一切谜底现在都将揭开。起初架构师创造了一个类似伊甸园一样的完美世界，但这样的世界很快就崩溃了，因为忽略了人类生而有之的天性，即对未来的希望。没有追求、没有动力，也就没有存在的意义。后来架构师又为新的世界添加了人性这一变量，参照人类的历史发展，给人类选择，让虚拟世界越来越真实，矩阵的人类也生活得越来越像人。

架构师与Neo

但虚拟世界的系统不管如何升级和完善，总会有一小部分人怀疑世界的真实性，就像《黑客帝国》动画版中的追求运动和身体极限的短跑运动员Dan，从高楼跃下的Kid，寻找Trinity的侦探Ash等等。 所以为了顺应人类的这种思想，先知和架构师就为人类创造了救世主，救世主带着怀疑世界真实性的人们建立了Zion，但Zion其实也只是架构师观察人类未来走向的研究对象。

Neo前的五位救世主都有一颗悲天悯人的心，想要拯救人类，也会经历脱离矩阵母体、遇到先知、寻找开锁匠、进入矩阵母体、回到源程序的流程。但他们最终还是失败，Zion也被毁灭了五次。而救世主每次重生都会选择16男7女，再次重新建立Zion，这23个人类应该是对应着人类的23对染色体，象征新生的生命。

23对染色体

根据架构师的解释以及先前Merovingian一直说Neo之前的救世主也来过就能发现，救世主其实是一个不符合预定规则的系统缺陷程序，也就是通常说的bug。出现bug后，就需要引导程序（也就是先知）进行引导。而当Neo被引导打开大门，回到源程序后，就会面临选择。一是回到源代码，矩阵重启，即救世主再次选择23个矩阵母体的人建立Zion；二是返回矩阵，而一旦返回矩阵，系统就会死机，因为出现了不可控的bug。

由于架构师是完美主义者，他难以忍受不断出现的这种版本更迭后还会出现bug程序（即救世主Neo）的情况。所以在第六代版本，架构师加入了先知所要求的“爱”，使矩阵中的人类拥有了“爱”的情感。

Neo爱上了Trinity，也使得Neo的程序变化越来越大，能力越来越强，同时情感的多样选择也使得矩阵情况更为复杂。而为了平衡Neo的存在，架构师也在第六代矩阵中加入了Smith。这也是为什么Smith一直执着于Neo存在的原因。但由于受到Neo的影响，Smith也从Neo身上获得了解放，架构师再也无法控制Smith了。

维修通道的埋伏

在预定的选择流程，现在Neo要么选择右边的门，回到源代码，系统重启，重建Zion；要么选择左边的门，返回矩阵，系统死机，人类灭亡。但此时Trinity为了拯救Neo，只身前往矩阵，还不幸中弹，即将坠楼而死。这一幕应该也是先知所构建的“爱”之引导。

为了拯救Trinity，同时也想拯救Zion的Neo，相信“希望”这一人类最强大的力量也是最致命的弱点，毅然选择了左边的门，化身超人，躲过大楼的爆炸，以无法捉摸的速度救下了中弹坠楼的Trinity。现在矩阵世界是可以说是Neo的地盘，Neo取出了Trinity体内的子弹，还为她徒手做了心脏起搏手术，救活了Trinity。