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先知与Trinity、Morpheus

先知告诉Trinity，“He is trapped in a place between this world and the machine world”Neo现在被困在这个世界与机器世界之间的某个地方。注意先知的表述，她并没有说是在真实世界和矩阵世界之间，也就暗示我们所认知的真实世界是真伪存疑的。

而一个为Merovingian工作，名为Trainman火车人的程序掌握着这两个世界的连接。现在Morpheus和Trinity要做的就是尽快找到Neo。

先知让Seraph带领他们去找火车人， 在列车上，一个蓬头垢面的人又出现了。他就是那个Niobe和Ghost救出Vigilant号的Axel后，出现在地铁站的人，嘴里还念叨着“Zion只能剩72小时了”。

火车人很惊慌地逃跑，Seraph三人紧追不舍，在算准列车经过的时间后，满手戴着表的火车人还是跑掉了。

Mobil Ave

另一边，Neo在一个名为“Mobil Ave”的火车站台醒来，看到了一个印度裔的小女孩Sati，并得知这里是火车人的地盘。随后Neo见到了先前在101层餐厅看到的印度人父亲Ramakandra和他的妻子Kamala，他们都是程序，Kamala是第一个由AI自动编写出来的程序，而Ramakandra是第六代矩阵中第一个获得人类情感的程序。

Ramakandra去见Merovingian就是为了让女儿Sati生存下去，但Merovingian只保证Sati不被删除，Rama需要借助火车人将Sati送到先知那儿，拜托先知照顾。而这也是先知之前见Niobe和Ghost所说的“爱”与“孩子”，他们是未来的希望。

Sati一家与Neo

火车人虽然被Seraph三人追逐晚点了一会儿，但还是到站接走了Sati。Neo想乘机无票上车，被火车人一拳击飞。

为了救出Neo，Seraph三人只得去找火车人的老板Merovingian。一行人干掉数名保镖后，持枪来到灯红酒绿的夜总会找Merovingian谈判。

Merovingian提出要用先知的双眼来交换Neo。显然这是不可能的，谈判破裂。Trinity抓住机会用枪抵住Merovingian的头，场面瞬间被Trinity的一条枪控制下来。

谈判

就在Neo想要用意念尝试逃脱时，谈判成功的Trinity来接Neo了。得救的Neo感觉自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。在先知家，Neo不仅见到了样貌改变的先知，也见到了已经被火车人送到的Sati。

Neo想要知道选择的结果，但先知也无法回答。让Neo “know yourself”。但先知告诉Neo，自己看到了末日将要来临。为了平衡Neo而存在的Smith，现在已经脱离架构师的控制，力量和权限越来越大的Smith不久就会毁灭一切，只有Neo能够去阻止他。

Neo走后，先知让Sati跟随Seraph离开。Seraph刚带着Sati出门，就发现Smith杀到了。就算东躲西藏还是被抓住。

没有Seraph保护的先知也被Smith复制融合了，Smith进化成了先知Smith，获得了预知未来的能力。也许是看到Neo被自己打败的未来，Smith发出一阵邪魅狂笑。

邪魅狂笑

另一边，回到飞船的Neo需要处理一下刚刚得知的海量信息。此时如同Neo的回归一样，Bane Smith也醒了过来，但他说之前the Caduceus号发生的一切都想不起来了。询问无果的Roland舰长也只好让Maggie医师尝试用药物让Bane恢复记忆。

搜寻了许久的the Hammer号也终于找到了等待救援的the Logos号，Niobe、Ghost和Sparks也得以获救。见到Morpheus的Niobe告诉他，自己也已经从先知那儿知道了想要知道的信息。

Zion总部的议会此时也在商讨仅剩12小时的作战计划，一是需要破坏不断挖掘的钻头，二是要组建尽可能多的志愿军进行Zion的防御部署。