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但这时后面还有机械乌贼偷袭，尼欧为了控制前方礼花无暇顾及身后，机械乌贼开始肆意捣毁飞船。

尼欧命令其飞船往上飞，躲过所有，飞船随即冲破厚黑的云霄，崔妮蒂看到了短暂明媚的太阳，这一切都太美好了。

很快他们重回暗无天日的环境，直冲入机械之城，急速下坠中崔妮蒂按照尼欧的指示重新启动飞船，以缓冲免得机毁人亡。

但遗憾的是，坠落时撞到了机器之城的一栋建筑，崔妮蒂被几根铁条插到身体，气数已尽，尼欧悲痛欲绝，没想到到最后，也无法拯救心爱的人。

收拾好心情，尼欧去找到了机械大帝，他作为真实世界的主体存在，有着至高无上的权力，而这个权力很快会被史密斯给复制殆尽，为了不让把自己权力拱手相让，尼欧抓住了这个契机，和机械大帝谈判，他要是能解决掉史密斯，机械大帝就要还锡安真正的和平和自由，机械大帝答应了。

这里有人会觉得机械大帝太拟人化，怕自己权力被剥夺之类的，其实从另一个角度看，把机械大帝也看成是一个人工智能，他的宗旨是让自己存活并运行，但现在有一个病毒他查杀不了，该病毒还要吞噬它，所以权衡之下，竭尽所能灭掉病毒保全自己，也是说得过去的。

之后机械大帝让尼欧重回矩阵母体，那里已经差不多被史密斯复制殆尽，全部人类的意识已经快被史密斯吞没，在那尼欧和史密斯展开飞天大对决，过程就不多说了，怎么飞天遁地怎么来。

最后来到了史密斯从先知那看到的那个场景，尼欧倒在了他的石榴裙下，然后史密斯窃喜，以为这就是整场战役的终点，他可以大获全胜了。

然后史密斯说出了：“万物有始必有终，尼欧”。

耳尖的大伙伴应该听出来了，史密斯用了尼欧，而不是一直说的安德森先生，这句话的意识，应该是先知从史密斯口中说出来的，这也侧面说明，先知的意识在史密斯体内并没有被完全侵蚀，也就因为这句话，尼欧再次站了起来，这让史密斯很错愕。

之后尼欧悟到了什么，决定不再挣扎，尼欧随之被毒液缠身，不是，被史密斯同化，变成了另一位史密斯。

但此时场外的尼欧开始不断抽搐，如果折翼炽天使一样绽放光芒，矩阵世界的史密斯自爆，接着各种史密斯开始自爆，病毒被清除。

所谓的一切有始必有终，最简单的理解就是在第一部中，尼欧钻进史密斯的身体，两者进行了一定程度的融合，所以解铃还须系铃人，只有尼欧决定牺牲自己，让其自身和史密斯同化，才能去删除掉史密斯。

之后机械大帝带走了看起来没有生命体征尼欧，为第四部做准备。

锡安迎来了和平，矩阵世界迎来了久违的彩色，架构师说先知走了惊险的一步棋，但矩阵世界因此更能看懂人类对于爱的理解，也变相进行了一次学习和升级。

《黑客帝国3》作为整个三部曲的收官之作，其实你们知道吗，在西方第三部的口碑和票房都很差，主要在于特效过多，以及决战太过于急促和草率，导致对比第一部少了开局布下的各种哲思和神秘。