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回到矩阵母体的尼欧并不打算先回到真实世界，而是想见先知，尼欧有说这是最后的机会，侧面说明尼欧能预感到，先知在这之后会面临死亡，或者他自己死亡。

第一次先知和尼欧的对话围绕的是选择，第二次拓展了选择的意义，这里第三次则是问意义背后的目的是什么。

先知解释了架构师的目的，为了矩阵母体的升级和配平，所以一直在推进修正尼欧的选择，想让尼欧回到源头，而先知程序的目的，是为了研究人类的爱，去完善矩阵，为了达到这个目的，先知甚至可以做出对矩阵母体安危的冒险，也就是尼欧会失去控制和引导，做出他自己真正的选择，但也正因为如此，先知的目的会得到答案。

但这个时候出现了一个大家都没有想到的变量，史密斯，不过有因必有果，作为变量的史密斯，唯一能阻止的，就是尼欧。

尼欧离开后，史密斯就杀了过来，同化了先知，获得先知的能力后，史密斯大笑，他肯定看到了未来演算可知的结局，也就是尼欧倒在他的石榴裙下。但未来是碎片化的，不真正到达未来那一刻，谁也不知道会发生什么。

真实世界中史密斯贝恩醒了过来，开始对内进行破坏和捣毁，锡安那边正在为大批进攻的机械乌贼做防御准备。

舰长团队解救回来搁置的船体，准备返回锡安，但需要经过一条非常惊险狭窄的下水道路线，那将会是奈奥比秀驾驶技术的表演时刻。

正当舰长团队准备一起返回锡安时，尼欧过来做出一个惊人的请求，他想借一艘飞船，直接飞到地球表面也就是机器的控制区，去源头找机械大帝谈判。

总舰长觉得这简直就是无理取闹，但奈奥比相信了尼欧，把自己的船借给了他，然后奈奥比开总舰长的船，难怪总舰长这么不开心，合着还是我损失一艘船。

接下来剧情主要就是两个大方向，一个是尼欧找机械大帝，一个是锡安民众抵抗机械乌贼。

尼欧和崔妮蒂准备前往时就出师不利，那艘飞船贝恩就潜藏在那，并做了手脚拿崔妮蒂做人质，尼欧只能放下武器任由贝恩狂K，但再一次，反派败于话多，贝恩都用枪指着尼欧了，还在那自我介绍背景出处和目的，以及发表自我感想。

结果就在贝恩开枪那一刻，崔妮蒂关掉电源，尼欧趁乱和贝恩扭成一团，结果贝恩拿起一个电缆，直接电瞎了尼欧。

再一次，贝恩以为胜券在握，又在那滔滔不绝发表自己获胜感言，等尼欧反应过来之后，他能从意念中感知到史密斯，并将其灭掉。

锡安这边也已经整装待发，机械乌贼群准时钻探到锡安的船坞大本营，人类机甲射击和机械乌贼打成一团，但无数的机械乌贼漫天飞舞，渺小的人类显然并不是对手。

奈奥比和墨菲斯这边回锡安，为我们展现了一段精彩的飙船戏，等到他们在千钧一发之际进入锡安时，打开了电磁脉冲，所有电子设备一名呜呼，人类取得极为短暂的阶段性胜利。

还没等大家撤退到下一个档口，新的一批机械乌贼乌央乌央就过来了。

所有的希望都寄托在尼欧这边，尼欧飞出地底来到地球表面，那里是一片人类的种植园发电厂，密密麻麻的人类婴儿备胎嗷嗷待哺。

之后尼欧要崔妮蒂沿着三条输电管飞行，前往机器之城。

此时远处的山脉开始震动，那里有着机器先进的武器，全部无一例外瞄准了尼欧的飞船，并向其发射乌贼导弹。

只见尼欧大手一按，无数袭来的乌贼导弹瞬间变成欢迎礼花，啪啪啪在半空中燃放。