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接着尼欧冲出大厦，以排山倒海的速度飞去接住了正在坠落的崔妮蒂，崔妮蒂此时已经中枪，但尼欧不信命，在矩阵母体他说了算，直接徒手做心脏起搏，救活了崔妮蒂。

回到真实世界后，尼欧告诉墨菲斯他们真相，震碎了墨菲斯的三观，还没等他们反应过来，机械乌贼进攻开始，他们只能弃船而逃。

但就在这时，尼欧能感觉到机械乌贼，并用意念，去阻止了机械乌贼，这就来到了大家讨论争议最深的一个话题，锡安和真实世界，到底是不是真实的。

这个话题我先按下不表，撰稿时《黑客帝国4》还没上映，万一我说是真实的《黑客帝国4》打脸我就太疼了，所以等我看完第四部，我们有机会再去深入探讨。

在这我想先大概解释下尼欧为何能控制机械乌贼，以及之后在真实世界开挂。

这里应该是尼欧进入到金色大门和架构师聊了一番之后，重新得到更大的升级，要知道这里的人类并非是胎生，而是克隆种植，从某种意义来说，这时的人类部分基因，也是具备一定机器意识了，每个人后脑勺有个接入口，身上也有很多接口，已经侧面说明此时的人类并非纯人类。

再来尼欧在矩阵母体意识已经被升级了多次，属于特殊的存在，这种升级会带入到真实世界，就像史密斯能来到真实世界一样，所以尼欧可以用意念控制机械乌贼，就等同于有线变WiFi。

而且机械乌贼在真实世界到处接收指令飞来飞去，说明在空气中是可以做到无线操控的。

之后尼欧灭了机械乌贼后，自己也元气大伤，和他一起躺着的，是史密斯贝恩，他在另一场机械乌贼攻击中，是唯一存活的人。

《黑客帝国2和3》故事联结很紧密，让我们快速接着剧情。

尼欧依然没有苏醒，大部队决定把此前被电磁脉冲弄熄火的飞船捞回来，冒险从布满机械乌贼的管道前往。

这时候墨菲斯想要在矩阵母体找尼欧的踪迹，但一无所获，不过这时常威·赛拉弗打来电话，说先知有事和他们谈。

另一边，尼欧在边境大道的车站中醒来，大家可以理解为这就是进入矩阵母体的海关口，由海洛文基恩管理着出入境大权，在那尼欧遇到了一位小女孩程序，她是另外两位程序的小孩。

他们父母属于老程序，都是要被删除清理掉的，但爸爸程序和海洛文基恩谈好条件，让他们女儿得以重回矩阵母体。

墨菲斯这边找到先知，先知已经换了一个人，戏外是因为此前饰演先知的演员离世，先知告诉墨菲斯解救尼欧的办法，就是去找火车人。

但火车人只听从海洛文基恩的吩咐，所以想要去车站捞尼欧，必须和海洛文基恩谈判。

火车人这边去到车站接小女孩回矩阵，尼欧还在想着自己能独闯无票上车，结果被火车人直接打趴，在车站尼欧没了开挂神力，这里的程序是由火车人撰写的，关闭了所有权限。

墨菲斯他们为了解救尼欧，去到海洛文基恩的轰趴巢穴大闹，想要做个交易谈判，海洛文基恩想要先知的眼睛，来换取尼欧，但这当然是不可能的，之后双方大打出手。

前面我说过海洛文是作为过去和现在的古老程序代表，他想要先知眼睛其实是想和先知程序融合，自我进化，从而获得更强的权限，但墨菲斯他们肯定不会达成这样的交易，最后崔妮蒂用枪对准海洛文基恩，要么交出尼欧，要么同归于尽撕个鱼死网破。

结果显而易见，崔妮蒂为了尼欧是愿意付出生命的，海洛文基恩只能屈服，让火车人带崔妮蒂把尼欧捞了出来。