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面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。 锡安的局势越来越危险，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个"母体"的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥来到机器城市。 在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平。

骇客帝国一共有三部

黑客帝国》的故事

黑客帝国 Ⅰ ：

托马斯•安德森是一个貌似普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在一家体面的软件公司里做程序设计员，和所有普通人一样过着平淡无奇的生活；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是尼奥。作为一个独自居住的人，他一直在做噩梦，就在这一天晚上，他遇到了改变他生活的事件。

在尼奥遇到崔尼蒂后，他的生活就开始变得诡异起来。当他上班时，他接到一个奇怪的电话，并遇到莫名其妙的追杀。

尼奥和特工史密斯的遭遇就象是一个噩梦一样可怕，尼奥也愿意相信这一切不过只是场噩梦。而另一个著名黑客莫菲斯的电话让尼奥更加疑惑。为了解开这些疑团，他跟随崔尼蒂来到了莫菲斯的房间。

尼奥发现自己在一个无法想象的地方醒来，随后发生的一切都是他无法理解的。

当尼奥再次醒来时，他发现自己在一艘名叫“尼布甲尼撒号”的飞船上。而莫菲斯等人的形象也发生了巨大的变化，他意识到自己和周围的世界和以前不再相同。

尼奥终于知道了自己的身份，他就是莫菲斯口口声声所说的那个“救世主”。当尼奥知道自己再也回不去后，他开始接受自己的命运。

在“尼布甲尼撒号”的船员中，塞弗是一个特工们有联系的线人。因为塞弗对真实生活感到失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去。因此他出卖了莫菲斯等人。

当莫菲斯决定带尼奥去见先知时，塞弗终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。尼奥见到先知后，却没有得到答案，反而对真相更加疑惑。

当尼奥他们回到接头处，因为他发现两只一模一样的黑猫连续走过，大家才发现特工已经设下了埋伏。最后因为塞弗的出卖，莫菲斯为了救出尼奥，毅然牺牲自己让尼奥逃走。

塞弗先回到了飞船，船上的同伴在毫无防备中被他用激光枪击中。于是尼奥的同伴们相继死去，正在千钧一发之机，重伤的坦克用激光枪击毙了塞弗，将尼奥和崔尼蒂从矩阵中救出。尼奥为了救出莫菲斯，决定去做一件以前从来没有人敢去尝试过的事情。

特工斯密斯正在对莫菲斯严刑拷问，正在这时，尼奥和崔尼蒂杀入特工的总部，经过一番恶斗救出了莫菲斯。

在地铁站内，尼奥为了掩护同伴，毅然留下和特工斯密斯展开恶斗。经过一番追逐后，尼奥还是被特工斯密斯乱枪打死。崔尼蒂和莫菲斯都不敢相信这一切。

尼奥再次复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。面对可怕的特工，他不再象以前那样逃避，而是用自己的能力就将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工斯密斯。

而这一切并非结尾，故事只是刚刚开始。

“奥西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机器向地下掘进。船长达里亚斯分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后的城市——锡安。为了将这个消息送到锡安，“奥西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长达里亚斯的情人乔自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“奥西里斯号”飞船为了给乔赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。虽然最后“奥西里斯号”飞船全体壮烈牺牲，但这个消息终于送达了锡安。

黑客帝国 Ⅱ——重装上阵

锡安的船长们正在秘密开会，讨论机器乌贼的进攻问题。控制中心确认有25万的机器乌贼将在72小时内攻入锡安，但许多船长并不相信这个情报。莫菲斯带着尼奥和崔尼蒂赶到会议现场，请求其中一个船长帮助他等待先知的消息。

会议被一个神秘客人的消息打断，原来尼奥的老朋友——特工斯密斯死而复生，不再受矩阵的控制，并具有了自我复制的能力。