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她使用改变现实的能力，先是派人炸死了次代蚁人，随即幻视驾驶的飞机坠毁在大厦，对复仇者发起了进攻。女浩克在暴走之下撕碎了幻视。但这只是第一波攻击；随即，一艘克里飞船突然出现在纽约上空。复仇者们不得不应战。在战斗中，鹰眼受了重伤，为了拯救队友，他牺牲自己，毁掉了飞船。最终，复仇者在奇异博士的帮助下制服了红女巫，把她交给了赶来的万磁王。钢铁侠表示他已经无力支撑复仇者，复仇者宣告解散。

新复仇者

超级恶棍电光人（Electro）破坏了专门关押超级罪犯的监狱的电力设施，大批超级罪犯越狱。复仇者已经不复存在，是蜘蛛侠、超胆侠、蜘蛛女、卢克·凯奇等英雄在美国队长和钢铁侠的帮助下平息了这次暴乱，不过一批罪犯仍然得以逃脱。

美国队长和钢铁侠商量，认为应该重建复仇者战队。新的复仇者以斯塔克大厦作为总部，不像原来的规模那么大，也没有那么铺张。蜘蛛侠等人都接受了邀请，只有超胆侠拒绝了。随后，金刚狼也加入了进来（他同时仍保持着X战警身份），能力强大但精神状态很不稳定的“哨兵”（Sentry）也成为了新复仇者的成员。

X教授试图恢复红女巫的神智，没有成功。快银担心复仇者和X战警会杀害自己的妹妹，鼓动红女巫再次改变现实，把世上大部分人变成变种人，让万磁王成为统治者。最后，红女巫将世界恢复了原状，鹰眼也在此过程中复活了。

内战

之后连接的正统剧情才是电影版的“内战”。原版漫画讲述的是几个年轻的超级英雄不慎造成了数百人死亡，导致美国国会通过了一项“超人类注册法案”，要求每个超能力者都要进行实名登记。此举引起许多超级英雄不满，英雄们分裂为支持注册和反对注册的两派，新复仇者也因此解散。钢铁侠说服蜘蛛侠自曝身份，并领导黑寡妇、哨兵、黄蜂女、惊奇女士等人，组成“强大复仇者”（Mighty Avengers）；卢克·凯奇则带领反对派转入地下活动。当局宣布拒绝登记的英雄即予逮捕法办，并命令美国队长加以执行。队长抗命，加入了反对派。

钢铁侠约美国队长私下见面，但没能取得一致意见，内战不可避免。双方在纽约展开激战，美国队长意识到他们的反抗行为本身就坐实了法案的论点：“超能力者会对社会造成危害。”他不愿造成更多破坏，主动投降。就在即将以叛国罪受审之前，美国队长遇刺身亡。

随着反对派的失败，不愿注册的英雄在奇异博士、铁拳等人的帮助下，开始进行秘密活动。已经复活的鹰眼（此时使用“浪人”的身份）也加入了他们的行列。钢铁侠担着卖友求荣的指责，成为神盾长官。

黑暗的胜利

光明会发现，自从当年的克里-斯克鲁战争开始，斯克鲁人就在不断对地球进行渗透，绑架地球英雄，变成他们的样子取而代之，史称“秘密入侵”。加入了强大复仇者和神盾组织的蜘蛛女，其实就是斯克鲁公主凡兰克假扮的。她把被斯克鲁人取代的艾丽卡的尸体交给钢铁侠，英雄们开始相互猜疑，不知身边谁是斯克鲁人。

面对地球遭受的威胁，复仇者和反派联合起来对抗斯克鲁军。诺曼·奥斯本（绿魔）击毙了凡兰克，斯克鲁人最终被打败，一批被绑架的英雄，包括仿声鸟、真正的蜘蛛女等都被救了出来。然而黄蜂女却在战斗中牺牲了。为了纪念她，亨利·派姆开始改用“黄蜂”这个身份。

因为在秘密入侵中处置不力，钢铁侠被解职，诺曼·奥斯本及其情报组织“神锤”取代了他和神盾的地位。不仅如此，奥斯本还建立了自己的“黑暗复仇者”。这时，美国队长从前的助手巴基已经继承了队长的衣钵，和蜘蛛侠、蜘蛛女、金刚狼、浪人、仿声鸟、卢克·凯奇、惊奇女士等人一道，继续以“新复仇者”自称。

在洛基的挑拨下，奥斯本对仙宫发动袭击。雷神托尔率众神回击，几名复仇者也赶去同奥斯本决战。在复活的斯蒂夫·罗杰斯——美国队长的率领下，奥斯本终于被击败了，被赶下了权力巅峰。他的伪“复仇者”也烟消云散。

英雄时代

新复仇者重又集结起来。卢克·凯奇成了新复仇者的领导。复仇者大厦重建起来了，钢铁侠以一美元的价格将大厦卖给了凯奇。蜘蛛侠、鹰眼（不久退出）、仿声鸟、金刚狼、杰西卡·琼斯（凯奇的妻子）、铁拳、惊奇女士和石头人都加入了。

而斯蒂夫·罗杰斯本人则在奥巴马总统的命令下，成为最高执法者，组建了“秘密复仇者”，成员包括野兽、战争机器、黑寡妇、鹰眼等人。

在“恐惧本源”事件之后，蜘蛛侠和金刚狼离队，幻视则重新加入了进来。尽管成员们来来去去，但英雄们的时代还将继续。