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后来发现，只有将两个人放在一起，但是又不能相认，这样周而复始就催生欲望和恐惧，这就是人类的本性，就是现实世界最本质的特点，引入这样的机制甚至能推动矩阵完美运行。

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这里还能看到，这个分析师已经不是之前的分析师了。前任被他推翻并干掉了。

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并且这个分析师喜欢使用“集群模式”来维护矩阵稳定，集群和特工是同时存在的，可以看到，集群就是非常多的机器人角色，可以理解为矩阵中的披着人皮的AI,这种人战斗力虽然不强，但是人数众多。

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通过这样的方式促使矩阵完美的运行了很多年，发电量比之前还要高出很多，在培养皿中的人类几乎都不怎么捣乱了，用分析师的说法就是“比猪都快乐”

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简而言之，尼奥和崔妮蒂两个人在一起才能更好的发电并控制人类，如果尼奥不乖乖自己回培养皿，分析师就杀掉崔妮蒂。

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尼奥只能先乖乖的先撤回IO。这时，机器盟友找到了尼奥。

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原来，机器盟友的首领就是先知和上一任总工程师的女儿，她的父母都被现任分析师杀掉了，所以和现任分析师结下了梁子。于是她提出了营救计划，协助一起营救崔妮蒂。

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尼奥再次回到矩阵，恢复了崔妮蒂的记忆。分析师使用时间静止能力打算杀掉所有人

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关键时刻史密斯来找分析师寻仇，一顿操作猛如虎打残了分析师，崔妮蒂成功被救走。

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逃跑的路上遇到大量集群，关键时刻崔妮蒂觉醒了飞行能力救出所有人，全片结束

2、黑4中部分剧情和前作的关联，以及问题解析；

（1）矩阵还存在吗？为什么机器人反悔？

还存在，但已经不是之前的矩阵了。很明显总工程师承诺给人类自由，停止战争，导致机器世界资源紧缺，一部分人心生不满，篡位夺权引发战争，总工程师被杀，矩阵再次运行，而且发电量更大，控制了更多的人类。但是机器世界也发生了分裂，一部分机器和人类结盟。

（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？

通过墨菲斯和巴格斯的对话可得知，矩阵应该是通过某种方式保存了老墨菲斯的部分意识，通过清洗利用改造成了特工（矩阵经常干这种事，所以这个猜测很合理），结果很墨菲斯自然觉醒，开始继续一边假扮特工一边寻找尼奥。

（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？

我们可以看到，影片开头巴格斯救墨菲斯的地方，和黑客帝国游戏出BUG的地方是一致的。

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而尼奥第一次见墨菲斯的时候大为震惊，因为和他游戏中的角色形象完全一致，这就代表游戏中发生的事情很可能在现实中也发生过。

其实是巴格斯黑了安德森的系统，将这段剧情加入到了安德森的游戏里面，用来告诉安德森实际已经发生的事情。

（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？

因为尼奥在黑客帝国里的映射形象一直在发生变化，包括容貌声音等等，而且这种变化是彻底的，周围人自然的态度会帮助映衬这种变化，所以导致人类很难准确定位尼奥。

（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？

这里史密斯自己的解释是：“一但尼奥离开了矩阵，我就自由了。”我的理解是史密斯和尼奥类似于杀毒软件和病毒的关系，而且都版本更新很多代，一但尼奥不受矩阵控制，史密斯就可以绕过任何防御程序对其他程序进行感染。

（6）为什么很多程序没有在版本迭代中被清理掉？

首先不要小瞧矩阵的自我净化能力，先知和总工程师这样的人物都可以被清理。

其次，要对机器世界有深刻的理解，机器世界已经进化到每个机器也有自由的思想和意识，每个机器的想法并不都是一样的。

另外，有些程序没有被清理不是系统不想清理，而是很难清理，参考史密斯，可以随便换皮，程序太多了，系统很难定位

最后，有些程序不清理是因为核心代码有用，比如墨菲斯，可以当特工，程序重新写一下就能用。

（7）为什么尼奥很年轻？

因为时间流逝在矩阵里和现实中是不一样的，身体一直泡在那个新发明的培养仓中可以活的更长久。